Центр геномной биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского

Внедрение результатов исследования:

Образование и переподготовка кадров:

Научные результаты:

• Разработана и внедрена информационная платформа GWATCH для визуализации и интерпретации результатов поиска генов на основе полногеномного анализа ассоциаций.
• Запущен проект Санкт-Петербургского государственного университета «Российские геномы», в рамках которого было пока отсеквенировано 334 полных генома людей, проживающих в различных регионах Российской Федерации.
• Создание отечественной биоинформационной базы данных на основе исследования генетического разнообразия российских популяций и генетической базы данных медицински значимых геномных вариантов в российских популяциях
• Создана программа и база данных GMTV, предназначенная для каталогизации и анализа штаммов Mycobacterium tuberculosis на территории Российской Федерации.
• Впервые были отсеквенированы, собраны и проаннотированы геномы нескольких видов растений, выявлены несколько генов, функция которых ассоциирована с различными типами полового и бесполого воспроизведения, проводятся дальнейшие геномные исследования регуляции размножения.
• Собран банк биообразцов млекопитающих, обитающих на территории Российской Федерации.
• Разработаны новые методы и инструменты анализа данных секвенирования геномов более 40 видов редких животных и растений, включая гепарда, африканского волка и высоко гетерозиготного растения Boechera.

Внедрение результатов исследования:

1. Внедрена в сферу биоинформатики и генетики информационная платформа GWATCH, которая содержит инновационный набор интерактивных программ, автоматизирующих обнаружение и проверку вариантов генов, которые опосредуют устойчивость к хроническим заболеваниям человека. В этом смысле GWATCH представляет собой сложную, но удобную для пользователей вычислительную программу для просмотра геномных ассоциаций, подтверждения новых ассоциаций генов в явном виде и выявления важных влияний генов, которые до сих пор было трудно установить.
2. Полученные результаты могут применяться при поиске генов, ассоциированных с заболеваниями, при мониторинге развития таких заболеваний, как СПИД и туберкулез, а также для развития эволюционной теории происхождения видов и биоинформатики как науки.

Образование и переподготовка кадров:

• Разработан курс «Введение в биоинформатику» в Санкт-Петербургском государственном университете на русском языке для международной образовательной платформы Coursera.
• Проведены семинары с привлечением специалистов из смежных областей.
• Проведены консультации и стажировки в Лаборатории для студентов и сотрудников иногородних вузов.
• Организованы стажировки сотрудников в Дальневосточном федеральном университете, Башкирском государственном университете (Россия).

Сотрудничество:

Смитсоновский университет (США), Гарвардский университет (США), Университет Дьюка в Северной Каролине (США), Федеральный университет Рио-Гранде-ду-Сул (Бразилия), Университет Претория (ЮАР), Университет Порту (Португалия), Цюрихский университет (Швейцария), Центрально-Европейский технологический институт (CEITEC), Университет Масарика (Чешская Республика), Индийский технологический институт, Мадрас (Индия), Пекинский университет (Китай): совместные исследования данных биоинформатического анализа, совместные публикации