Центр алгоритмической биотехнологии

Внедрение результатов исследования:

Центр алгоритмической биотехнологии обеспечивает биоинформатической поддержкой крупнейший в настоящее время проект по исследованию микробиома человека, посвященный анализу микробиома Ларри Смарра. который в последние 12 лет превратился в «живую лабораторию» из-за развившейся у него болезни Крона. Исследователям ЦАБ Дмитрию Мелешко и Сергею Нурку был выделен миллион часов на суперкомпьютере в Сан-Диего для анализа этого микробиома, а Алла Михеенко и Алексей Гуревич анализируют его метаболом.

Образование и переподготовка кадров:

• Модернизирована образовательная деятельность СПбГУ в результате создания и внедрения в учебные планы online курсов, дисциплин и основной образовательной программы в области Биоинформатики.

• Создан и запущен в 2014 году онлайн-курс «Введение в биоинформатику», который является первым русскоязычным курсом по биоинформатике на платформе Coursera. Со дня своего запуска курс прослушало более 25 000 человек из России, Белоруссии, Казахстана, США, Германии, Израиля и других стран.

• Создан и запущен в 2016 году второй онлайн-курс «Введение в биоинформатику: метагеномика» на платформах Coursera, Stepik, Открытое образование. Курс стал призером международного конкурса открытых онлайн-курсов EdCrunch Award OOC 2018.

• Разработана образовательная программа магистратуры по направлению «Биоинформатика» в СПбГУ (руководитель А. Л. Лапидус). Прием на магистерскую программу «Биоинформатика», впервые успешно прошел в 2018 году.

Другие результаты:

• Программный продукт SPAdes, созданный в ЦАД, является одной из самых популярных программ для сборки бактериальных геномов в мире, несмотря на высокую конкуренцию, в том числе с научными коллективами Массачусетского технологического института и Гарвардского университета. Научная публикация в журнале Journal of Computational Biology, описывающая SPAdes, на сегодняшний день процитирована почти 2000 раз за 5 лет со дня публикации.

• Сравнительный анализ ведущих метагеномных сборщиков ДНК, проведенный немецкими учеными, показал, что созданный ЦАД metaSPAdes является номером 1: «metaSPAdes showed the overall best assembly size statistics while also capturing a relatively large fraction of the expected diversity» (Vollmers et al., PlOS One, 2017).

Сотрудничество: 

Объединенный институт генома (США), Университет Сан-Диего (США), Институт Скриппса (США), Институт Крейга Вентера (США), «АстраЗенека» (США), Международная группа компаний Роше EMC (Россия), Illumina (США, Великобритания), Juno Therapeutics (США), Genentech (США), Nabsys (США), EMBL-EBI (Великобритания), Institute for Agricultural and Forest Systems in the Mediterranean (Италия): совместные научные исследования.